L'histoire de la municipalité d'Alqueries del Niño Perdido en tant que tel commence en 1985, suite à séparation de Vila-real, la municipalité voisine, bien qu'à l'origine il s'agisse d'un ensemble de fermes (alqueries) dispersées sur le territoire agricole de la Plana qui ont fini par se regrouper pour composer le noyau actuel. Des restes ibères ont été trouvés à Torrasa, un pont romain sur le Riu Sec, ainsi que de nombreux restes musulmans. Le nom de la localité a pour origine l'image de Notre Dame del Niño Perdido (l'enfant perdu) que des moines ont placée dans l'oratoire d'une ferme de Bon Retorn, en 1683.
